1.防潮湿：碳酸氢铵极易吸湿，造成氮挥发损失；硝酸铵吸湿性也很强，易结块、潮解；过磷酸钙和石灰氮吸湿后容易结块，影响施用效果。因此，这些化肥必须存放在干燥、阴凉处，尤其碳酸氢铵储存时包装要注意密封牢固，避免与空气接触。
 2.防挥发：氨水、碳酸氢铵极具挥发性，储存时要密封。过磷酸钙、氮素化肥严禁与碱性物质（石灰、草木灰等）混合堆放，以避免氮素化肥挥发损失和降低磷肥的肥效。
3.防受热： 温度愈高，化肥的潮解挥发和结块愈严重（稳定性愈差），因此贮存房屋的温度应保持在30℃以下，农村最好不要放在有热源的厨房内。
4.防火灾： 硝酸钾、硝酸铵等有助燃性，贮存时不能和易燃物品例如煤油、汽油、木屑、秸秆等堆放在一起，以免引起火灾。
5.防爆炸： 硝酸钾、硝酸铵等容易爆炸，若与铁、铜等金属粉末混在一起，一旦摩擦撞击，就会引起爆炸事故。所以这些化肥如有结块硬化现象，严禁使用金属物品猛击，要用重物碾碎。
6.防腐蚀： 过磷酸钙具有腐蚀性，应防止与皮肤、金属器具接触；氨水对铜、铁有强烈腐蚀性，宜储存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥也不能与种子存放在一起，也不应使用化肥袋装种子，以免影响种子发芽。
7. 防混放： 化肥有不同的酸碱性，应分门别类，按产地、种类、性质分别放置和保管，以免降低肥效。
8. 防误用：  肥料不能和农药、人畜药品、食用物品（如白糖、食盐）等混放，以免误用。特别要防止小孩误食。